Приказом Министерства образования и науки РФ от «25» февраля 2009 г. №59 была утверждена новая номенклатура специальностей научных работников, что привело к изменениям в составе и структуре ряда диссертационных советов факультета.
Приказами Рособрнадзора 9 из 11 диссертационных советов, действовавших ранее на факультете, продлен срок полномочий с 1 января 2010 года на период действия новой номенклатуры.
| № | № совета | Специальность | Шифр | Председатель совета | Ученый секретарь |
| 1 | Д 501.001.65 | Радиобиология | 03.01.01 | Кудряшов Ю.Б. | Веселова Т.В. |
| 2 | Д 501.001.71 | Биохимия | 03.01.04 | Виноградов А.Д. | Медведева М.В. |
| 3 | Д 501.001.76 | Молекулярная биология | 03.01.03. | Атабеков И.Г. | Крашенинников И.А. |
| Вирусология | 03.02.02 | ||||
| 4 | Д 501.001.46 | Физиология и биохимия растений | 03.01.05 | Павлов В.Н. | Гусаковская М.А. |
| Ботаника | 03.02.01 | ||||
| Микология | 03.02.12 | ||||
| 5 | Д 501.001.21 | Микробиология | 03.02.03 | Нетрусов А.И. | Пискункова Н.Ф. |
| Биотехнология (в том числе бионанотехнологии) | 03.01.06 | ||||
| 6 | Д 501.001.20 | Зоология | 03.02.04 | Северцов А.С. | Барсова Л.И. |
| Энтомология | 03.02.05 | ||||
| 7 | Д 501.001.53 | Ихтиология | 03.02.06 | Криксунов Е.А. | Куга Т.И. |
| Биологические ресурсы | 03.02.14 | ||||
| 8 | Д 501.001.93 | Физиология | 03.03.01 | Полянский В. Б. | Умарова Б.А. |
| 9 | Д 501.001.52 | Клеточная биология, цитология, гистология | 03.03.04 | Голиченков В.А. | Калистратова Е.Н. |
| Биология развития, эмбриология | 03.03.05 |
Ходатайства о возобновлении деятельности советов Д 501.001.96 (специальность — биофизика по биологическим и физико-математическим наукам) и Д 50.001.55 (специальности – экология, гидробиология) в настоящее время находятся на рассмотрении в Рособрнадзоре.