На конкурс подано около пяти тысяч заявок. Ряд заявок не соответствовал «Положению о конкурсе», утвержденному приказом № 487 от 18 мая 2016 года (к конкурсу допускались работы научных сотрудников и профессорско-преподавательского состава, работающих в МГУ по основному месту работы). Анализ и предварительную оценку представленных работ провели комиссии жюри по каждой номинации.
На заседании жюри под председательством ректора МГУ академика В.А. Садовничего, которое состоялось 19 июля 2016 года, были утверждены пороги для каждой номинации, размеры премий и правила их распределения.
Приказом № 880 от 4 августа 2016 года утверждены списки победителей по каждой номинации: