Юнна Петрусенко
- Какими Вы видите перспективы развития геномики?
Геномика – стремительно развивающаяся научная дисциплина. С увеличением доступности технологий NGS (секвенирования нового поколения) расширяются возможности для создания генетических баз данных, в том числе баз данных человеческих геномов. В перспективе у каждого человека появится свой генетический паспорт, на основе которого и других имеющихся данных можно будет с определенной точностью предсказать развитие сложных заболеваний. Чем больше будет коллекция геномов людей, тем лучше и качественнее будет прогноз. Наличие генетических паспортов у родителей позволит сделать вероятностную оценку рождения больных детей. Кроме того, важно анализировать образцы из разных человеческих популяций, так как у каждой из них есть свои генетические особенности и то, что прогнозируется, к примеру, для европейцев, уже не годится для азиатских популяций. Также наличие большой генетической базы данных позволит лучше подбирать доноров для трансплантации и др. Все это становится возможным именно благодаря геномике. Помимо задачи улучшения качества жизни человека, геномика помогает продвинуться в понимании проблем биоразнообразия с помощью анализа ДНК видов на уровне популяций. На уровне же микроорганизмов методы современной геномики позволяют проанализировать сразу целые биологические сообщества, в результате чего ученые открывают новые виды организмов и новые гены в них, потенциально применимые в производстве лекарств и ферментов для пищевой промышленности.
- Чтобы Вы добавили в курс обучения?
Наша программа была направлена на изучение технологий секвенирования нового поколения, а также различных методов биоинформатики, статистики и анализа данных, наряду с углубленным изучением проблем медицинской генетики. Однако в силу нового опыта создания такой современной генетической программы магистратуры в России, процесс обучения не был достаточно систематизирован. На мой взгляд, следует добавить больше практических заданий по обработке геномных данных, именно человеческих, а также увеличить число занятий, посвященное обработке данных РНК-секвенирования вместе с практическими заданиями. В целом в рамках обучения мы касались всех значимых тем касательно современной геномики, но хотелось бы более структурированного и подробного курса, начиная с принципов проведения эксперимента по секвенированию ДНК и РНК, заканчивая рассмотрением различных программ по сборке геномов de novo и картирования прочтений на эталонные геномы. Подчеркиваю, было бы замечательно подчерпнуть информацию об этом не из отдельных частей различных лекций и курсов, а именно в течение одного подробного и всеобъемлющего курса. Кроме того, наряду с ознакомлением с языком программирования Python, было бы неплохо изучить основы программирования на R.
- Какие полученные знания на курсе Вы считаете самыми полезными?
Лично для меня оказались полезными основы программирования на Python и алгоритмы с основами машинного обучения, хотя, было не так просто будучи биологом погрузиться в математические выкладки. Также для развития навыков написания статей и подготовке докладов оказался чрезвычайно полезным соответствующий курс на английском языке. Еще здесь стоит отметить журнальный клуб с разбором и обсуждением научных статей.
- Ваши рекомендации будущим студентам этого курса.
Если вы ранее учились на биологическом факультете, то рекомендую быть готовыми к освоению совершенно нового материала, что не типично для большинства программ магистратуры по крайней мере биологического факультета МГУ, где магистратура является скорее продолжением учебы в бакалавриате и «углублением» в выбранную специальность. Здесь же генетика предстает в новом виде: биоинформатических алгоритмов и технических подробностей всего процесса секвенирования. Так что, не стесняйтесь задавать вопросы и активно гуглить команды для написания программ, только так, совмещая самостоятельную работу и рекомендации преподавателей можно достаточно быстро продвинуться в новой тематике. Это и сложно, и интересно, поэтому вопрос исключительно в вашей мотивации.
- Стыки каких наук на Ваш взгляд могут также, как геномика, быть перспективными в будущем?
Я полагаю, что большие достижения в сфере IT охватывают все научные дисциплины, поэтому умение программировать сейчас, а тем более в ближайшем будущем нигде не будет лишним. Говоря о биологии, все «омиксные» технологии так или иначе вступают в период своего наибольшего расцвета именно сейчас. Помимо геномики, охват «всего и сразу» перспективен также, например, для протеомики. Мне кажется, эта сфера не менее актуальна на сегодняшний день, а дальнейшее развитие технологий распознавания сразу множества белковых последовательностей ожидает большинство ученых-биологов, ведь информация о протеоме сможет наконец своевременно дополнять накопленные данные о геномах и транскриптомах и расширять наши представления о различных фенотипах, прежде всего патологических.
- Какой педагог оказал на Вас самое значительное влияние?
Я благодарна всем преподавателям курсов на магистерской программе «Геномика и здоровье человека» за готовность к обсуждению любых вопросов и за предоставленную возможность узнать много нового и полезного за такой небольшой срок. Отдельно хочется выделить Константина Викторовича Северинова за очень продуктивный и интересный ряд журнальных клубов и за проведение уникального семинара, посвященного разбору написания заявок на гранты, их рецензирования и дальнейшего обсуждения работ с моими коллегами-студентами. Также отдельную благодарность хочется выразить Татьяне Владимировне Тяжеловой за подборку интересного лекционного материала и обращение внимания на различные неочевидные нюансы при работе с генетическим материалом и последующем анализе. За курсы на английском языке огромное спасибо Анастасии Андреевне Шарапковой, полученные знания действительно улучшили мой английский и позволили усовершенствовать навыки как при написании текстов на английском языке, так и при подготовке устных докладов.
- Каковы Ваши дальнейшие планы?
Продвигаться дальше в изучении геномики, совершенствоваться в программировании и анализе геномов, расширять арсенал освоенных методов обработки экспериментальных данных. В дальнейшем я планирую продолжить обучение уже в рамках аспирантуры и работать в ООО «Биотек кампус».
Светлана Алюкас
- Какими Вы видите перспективы развития геномики?
По моему мнению, геномика — это область биологии, за которой стоит будущее. Уверена, что данную область ждёт бурное развитие. Ведь она имеет не только теоретическое, но и важное прикладное значение для каждого человека.
- Чтобы Вы добавили в курс обучения?
Курс по программированию на R, и увеличить длину курса по программированию на Python.
- Какие полученные знания на курсе Вы считаете самыми полезными?
Практические навыки обработки биоинформатических данных. Теоретические знания по геномике человека.
- Ваши рекомендации будущим студентам этого курса.
Получать как можно больше практики в лабораториях
- Стыки каких наук на ваш взгляд могут также, как геномика, быть перспективными в будущем?
Я думаю, что протеомика.
- Какой педагог оказал на Вас самое значительное влияние?
Татьяна Владимировна Тяжелова и Константин Викторович Северинов
- Каковы Ваши дальнейшие планы?
Мне хочется развиваться в сфере репродуктивных технологий в качестве клинического биоинформатика. Работать в лаборатории Биотехнологического кампуса ПАО «НК «Роснефть». В дальнейшем, возможно, поступление в аспирантуру.
Татьяна Цедилина
- Какими Вы видите перспективы развития геномики?
Я вижу хорошие перспективы развития геномики в долгосрочной перспективе. Особенно в области медицинской геномики. Многие заболевания имеют наследственные причины возникновения, однако их определение — сложная задача. Поэтому впереди много трудной, но очень интересной работы! В краткосрочной перспективе будет трудно из-за сложностей, связанных с покупкой реактивов и оборудования. Пока рынок биотеха в России очень маленький, чтобы производить реактивы в России и продавать их здесь было рентабельным.
- Чтобы Вы добавили в курс обучения?
Я бы добавила курс по алгоритмам и курс по статистике в R. R — основной язык биоинформатики, и к сожалению, приходится его осваивать самостоятельно.
- Какие полученные знания на курсе Вы считаете самыми полезными?
Навыки программирования, обработки биоинформатических данных. Также отмечу курс по академическому письму на английском языке и по научной коммуникации на английском языке.
- Ваши рекомендации будущим студентам этого курса.
Не бояться того, что не получается или не понятно и кажется чем-то выше вашего понимания. Все можно освоить и понять и все с чего-то начинали. И конечно же находить время для себя и своего отдыха.
- Стыки каких наук на Ваш взгляд могут также, как геномика, быть перспективными в будущем?
Я думаю все, что связанно с полупроводниками, материалами и энергетикой — очень интересно и перспективно.
- Какой педагог оказал на Вас самое значительное влияние?
На меня большое влияние оказал Северинов К.В., у нас с ним были семинары, на которых мы разбирали научные статьи, гранты. Он показал, как именно надо читать статьи и что ко всему стоит относиться критически, даже если работа опубликована крутым коллективом и в авторитетном журнале.
- Каковы Ваши дальнейшие планы?
Работать, развиваться в области клинической биоинформатики. Если все сложится, то я бы хотела работать в биотехкампусе Роснефти. А пока я доделываю проект в своей лаборатории и немного отдыхаю.
Анастасия Павлова
- Какими Вы видите перспективы развития геномики?
Думаю, в ближайшем будущем анализ генома будет всё активнее интегрироваться в клиническую практику для профилактики, диагностики и лечения заболеваний. Это и неинвазивный пренатальный скрининг, и генетический скрининг новорожденных, и помощь в корректной постановке диагноза, например, в случае онкологии, а также инструмент для персонализированной медицины (например, когда дозировка препарата подбирается с учетом генетически обусловленного метаболизма того или иного лекарственного средства). Будет также развиваться и становиться доступнее секвенирование единичных клеток, которое даёт более точное представление о том, из каких субпопуляций состоят интересующие нас ткани и как они между собой взаимодействуют. Ну и по-прежнему востребованным будет также сочетание омиксных технологий, например, комбинация геномных данных с протеомными, или геномики и метаболомикой и т.д.
- Чтобы Вы добавили в курс обучения?
Побольше реальных биоинформатических кейсов. Например, нам объяснили алгоритм анализа трисомий для пренатальной диагностики. Далее можно раздать нам несколько тренировочных геномов, чтобы мы сами определили норму или патологию. Или такие задания, где мы должны сами диагностировать генетическое заболевание на основании генома. Так лучше запомнится, как и какие программы использовать. Можно еще добавить к Python программирование на R.
- Какие полученные знания на курсе Вы считаете самыми полезными?
Программирование на Python, практические занятия (hand on) по биоинформатике, написание статьи на английском языке, курс по single cell секвенированию, курс по написанию заявок на гранты, а также «мокрые» практикумы по подготовке библиотек и секвенированию.
- Ваши рекомендации будущим студентам этого курса.
Не стесняться почаще менять лаборатории для практики, попробовать поучиться хотя бы в двух. Это расширяет кругозор и даёт понимание, что все работают по-разному, нет какой-то единой идеальной схемы. И лучше это делать в течение первого года, так как ко второму курсу нужно будет уже определиться, где и на какую тему писать диплом. Учите английский, основы программирования (командная строка, R, python) и статистику. Это универсальные навыки, которые нужны сейчас в «сухой» (компьютерной) биологии вне зависимости от того, будет ли она связана непосредственно с геномными исследованиями заболеваний человека или нет.
- Стыки каких наук на Ваш взгляд могут также, как геномика, быть перспективными в будущем?
Один из перспективных «стыков» — протеогеномика. Это комбинация геномных методов и (чаще всего) масс-спектрометрии. Такое сочетание помогает выстроить мостик между геномными аберрациями и их проявлениями на белковом уровне. Это может быть особенно полезным в области онкологии.
- Какой педагог оказал на Вас самое значительное влияние?
Константин Викторович Северинов — поскольку организовал с партнерами несколько важных уникальных курсов (по нанопоровому секвенированию и Illumina, например), а также устроил несколько экскурсий в лаборатории, что для некоторых студентов определило дальнейшее развитие научных интересов. Также Егор Борисович Прохорчук, организовавший со своими аспирантами очень полезный биоинформатический практикум.
- Каковы Ваши дальнейшие планы?
Попробую развить тему, которую начала изучать в рамках своего магистерского диплома. Он был связан с трансплантационной иммуногеномикой, а именно с анализом Т-клеточного репертуара у пациентов после трансплантации. Пока планирую остаться на базе института, где писала диплом.
