Кафедра ихтиологии образована 8 марта 1940 года.
В те годы в стране происходил быстрый рост исследований биологии рыб, развивалось промышленное рыболовство, создавались основы технологии аквакультуры. Но развитие этих важных направлений сдерживало отсутствие высоко квалифицированных специалистов-биологов нужного профиля, способных проводить исследования систематики и экологии рыб, анатомии, эмбриологии и физиологии, поведения и генетики. Созданная в Московском университете кафедра ихтиологии стала основным центром их подготовки. Долгое время она была единственной кафедрой ихтиологии в стране.
Одним из организаторов кафедры и первым заведующим был выдающийся отечественный ихтиолог – член-корреспондент РАН Г.В. Никольский, его учебники по ихтиологии были переведены и изданы во многих странах. В течение более 30 лет кафедру возглавлял ее выпускник академик Д.С. Павлов.
За годы существования кафедру окончило около 700 студентов и более 200 аспирантов и стажеров. Большинство из выпускников сделали успешную научную карьеру, стали кандидатами и докторами наук, член-корреспондентами и академиками РАН, руководителями лабораторий и институтов, заведующими кафедрами, руководящими работниками рыбной и других отраслей в нашей стране и за рубежом. Среди выпускников и сотрудников кафедры лауреаты Государственной премии Российской Федерации, высшей научной награды Московского университета — премии имени М.В. Ломоносова за научную деятельность и многих других престижных отечественных и иностранных премий и наград.
